Las opiniones inconscientes son recuerdos emocionales que se almacenan en la amígdala. El hipocampo registra los hechos puros, y la amígdala es la encargada de registrar el «clima emocional» que acompaña a estos hechos. Para LeDoux «el hipocampo es una estructura fundamental para reconocer un rostro como el de su prima, pero es la amígdala la que le agrega el clima emocional de que no parece tenerla en mucha estima». Esto significa que el cerebro dispone de dos sistemas de registro, uno para los hechos ordinarios y otro para los recuerdos con una intensa carga emocional. El cerebro usa un sencillo método para registrar recuerdos emocionales con mucha fuerza: los sistemas de alerta neuroquímica que preparan al organismo para luchar o huir en un momento de peligro también graban aquel momento en la memoria con intensidad. Sometido a tensión, ansiedad o dicha un nervio que va del cerebro a las glándulas suprarrenales (que están encima de los riñones) provoca secreción de hormonas epinefrina y norepinefrina; estas mismas activan los receptores del nervio vago y este transporta mensajes desde el cerebro para regular el corazón y lleva señales de vuelta al cerebro provocadas por estas mismas dos hormonas. La amígdala es el lugar más importante del cerebro al que van estas señales, activan neuronas en la amígdala para indicar a otras regiones del cerebro que refuercen la memoria para registrar lo ocurrido, lo cual explica por qué a veces tenemos traumas o recuerdos emocionales con cierto nivel de intensidad y no sabemos porqué.
En el cambiante mundo social, uno de los inconvenientes de este sistema de alarma neuronal es que, con más frecuencia de la deseable, el mensaje de urgencia mandado por la amígdala suele ser obsoleto. La amígdala examina la experiencia presente y la compara con lo que sucedió en el pasado, utilizando un método asociativo, equiparando situaciones por el mero hecho de compartir unos pocos rasgos característicos similares, haciendo reaccionar con respuestas que fueron grabadas mucho tiempo atrás, a veces obsoletas.
En opinión de LeDoux, la interacción entre el niño y sus cuidadores durante los primeros años de vida constituye un auténtico aprendizaje emocional, y es tan poderoso y resulta tan difícil de comprender para el adulto porque está grabado en la amígdala con la tosca impronta no verbal propia de la vida emocional. Lo que explica el desconcierto ante nuestros propios estallidos emocionales es que suelen datar de un período tan temprano que las cosas nos desconcertaban y ni siquiera disponíamos de palabras para comprender lo que sucedía. En esta primera etapa de la vida el hipocampo (crucial para recuerdos narrativos) y neocorteza (base del pensamiento racional) aún deben desarrollarse pero la amígdala, que madura muy rápido cuando somos niños, es mucho más probable que esté formada al momento de nacer. LeDoux nos dice que la amígdala sustenta un principio básico del pensamiento psicoanalítico: que las interacciones del niño con los adultos y personas que lo rodean le proporcionan lecciones emocionales basadas en su adaptación y dificultades en sus relaciones.
Según el psicólogo estadounidense John Maxtell, no tiene sentido postular que la evolución ha pasado por alto depurar este sistema de alarma. Si persiste hasta nuestros días, lo ha hecho por ser funcional, por tanto no está anticuado. La evolución es implacable y borra de la existencia todo lo que no aporta nada a la supervivencia de cada especie. Los seres humanos evolucionamos en paralelo al resto de seres vivos de la tierra. Los condicionantes que dirigen nuestra evolución los impone el hábitat artificial que nosotros mismos hemos construido, ciudades, sociedad etc. Nosotros estamos condicionando nuestra evolución, dando como resultado el desarrollo de una capa de pensamiento racional, al servicio de nuestro lado emocional, que nos ayuda a vivir en nuestro medio. Interpretar las señales de tráfico, desarrollar un rol en el trabajo, buscar una casa donde vivir, son cuestiones que todos manejamos a diario, pero desde el punto de vista evolutivo es vivir en un medio. Lo que somos hoy, es el producto de esta evolución auto-condicionada. (Teoría de la evolución auto-condicionada, John Maxtell).
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